As pesquisas desenvolvidas no âmbito do PPGAU são desenvolvidas nos laboratórios de pesquisa que aglutinam docentes e discentes, a partir dos interesses comuns de investigação. As cooperações estabelecidas são definidas a partir da interlocução dos laboratórios ou de conjuntos deles com parceiros nacionais e estrangeiros.
Em 2017 um esforço conjunto dos laboratórios LAMEMO, LEDH e LACHA viabilizou a participação do PPGAU na Rede Amazônia Luso Brasileira de Pesquisa, composta por pesquisadores da área da Arquitetura e Urbanismo vinculados às Universidades da Amazônia Brasileira e a pesquisadores das Universidades de Lisboa e de Coimbra. Em outra frente a ação conjunta dos três laboratórios firmou parceria com o Prof. Fernando Luiz Lara (UFMG/Universidade de Austin).
O LAMEMO manteve a parceria com o Grupo da UFPA denominado Cidade, Aldeia e Patrimônio, que também integra o grupo: Representações, imaginário e tecnologia (FAU USP), e por meio deste é vinculado ao Centre de Recherches Internationales sur l' imaginaire (Université de Grenoble, France).
O LABCAM participa desde 2000 do Observatório das Metrópoles, mais antigo projeto INCT/CNPq da área do planejamento urbano e regional do Brasil. No LABCAM, também existem parcerias com outros laboratórios da UFPA (GPHS) e instituições com ações voltadas para a elaboração de planos diretores municipais e planos setoriais relacionados às políticas urbanas, e de avaliação de políticas e projetos federais. No LABCAM também há articulações para a discussão da Urbanização na Amazônia contemporânea com pesquisadores do INPE, UFMG e dos outros programas de pós-graduação da UFPA (PPGD, PPGE, PPGDSTU), e com instituições francesas e inglesas no âmbito dos projetos em desenvolvimento.
Novas parcerias estão em construção com universidades do Equador e Colômbia, com o intuito de aprofundar as discussões sobre o produção do ambiente construído na Pan-Amazônia.