Las investigaciones desarrolladas en el marco del PPGAU se desarrollan en los laboratorios de investigación que agrupan docentes y discentes, a partir de los intereses comunes de investigación. Las cooperaciones establecidas se definen a partir de la interlocución de los laboratorios o de conjuntos de ellos con socios nacionales y extranjeros.
En 2017, un esfuerzo conjunto de los laboratorios LAMEMO, LEDH y LACHA permitieron la participación de PPGAU en la Red Amazónica Luso Brasileña de Investigación, formado por investigadores en el campo de la arquitectura y urbanismo vinculados a las universidades de la Amazónia brasileña e investigadores de las Universidades de Lisboa y Coimbra. En otro frente, la acción conjunta de los tres laboratorios firmó asociación con el Prof. Fernando Luiz Lara (UFMG/Universidad de Austin).
El LAMEMO mantuvo la asociación con el Grupo de la UFPA denominado Ciudad, Pueblo y Patrimonio, que también integra el grupo: Representaciones, imaginario y tecnología (FAU USP), y por medio de éste está vinculado al Centro de Recherches Internationales sur l 'imaginaire (Université) de Grenoble, Francia).
El LABCAM participa desde 2000 del Observatorio de las Metrópolis, más antiguo proyecto INCT / CNPq del área de la planificación urbana y regional de Brasil. En el LABCAM, también existen alianzas con otros laboratorios de la UFPA (GPHS) e instituciones con acciones dirigidas a la elaboración de planes directores municipales y planes sectoriales relacionados a las políticas urbanas, y de evaluación de políticas y proyectos federales. En el LABCAM también hay articulaciones para la discusión de la Urbanización en la Amazónia contemporánea con investigadores del INPE, UFMG y de los otros programas de posgrado de la UFPA (PPGD, PPGE, PPGDSTU), y con instituciones francesas e inglesas en el ámbito de los proyectos en desarrollo.
Nuevas alianzas están en construcción con universidades de Ecuador y Colombia, con el propósito de profundizar las discusiones sobre la producción del ambiente construido en la Pan-Amazónia.